Osmanlı döneminde İstanbul şehri belirli merkezlerin çevresinde gelişmiş, İstanbul Boğazı'nın kıyıları buralara oranla boş kalmıştı. Ancak 1800'lü yıllarda duraksamış olan Osmanlı ekonomisindeki canlanmalar sonucunda İstanbul şehri Boğaz kıyıları boyunca genişlemeye başladı. Boğaziçi'nde artan nüfus böylece Boğaz sularını hareketlendirmiş oldu. Bu dönemde insanlar bir yakadan diğerine kayıklarla taşınıyordu. Toplu taşımaya elverişsiz ve güvenlik bakımından yetersiz olan bu uygulamalara ilk alternatif 1837 yılında biri İngiliz, diğer Rus iki şirketin Boğaz'da çalıştırmaya başladığı buharlı vapurlar oldu. Özellikle yaz sezonunda mesire yerlerine, ayazmalara, çayırlara akın eden İstanbullular bu vapurlara rağbet etti.
Yabancı sermayeli bu vapurlar bir süre işledikten sonra Osmanlı yönetimince yasaklandı ve dönemin deniz ulaşımından sorumlu makamı olan Hazine-i Hassa Vapurları İdaresi bunların yerine Hümapervaz adındaki ilk vapuru hizmete soktu. Düzenli sefer yapmasına karşın vapur ve sefer sayısındaki yetersizlik nedeniyle yalnızca bu işle ilgilenecek bir şirket kurulması için Osmanlı meclisine bir teklif sunuldu. Teklifin onay almasıyla 1851 yılında Osmanlı İmparatorluğu'nun ilk anonim şirketi olan Şirket-i Hayriye kuruldu.
95 yıl boyunca Boğaziçi'nin iki yakasını birleştiren Şirketi-i Hayriye'nin büyüklü-küçüklü onlarca vapuru oldu. Kimilerinin güverte ve kaptan köşkleri açık, siyah boyalı, yandan çarklı, tek uskurlu-çift uskurlu, çoğunluğu ahşap Osmanlı vapurlara önceleri Boğaziçi'ndeki kıyı semtlerinin adları verilirdi ancak daha sonraları vapur adlandırmalarında yoğun bir Arapça etkisi kendisini gösterdi. Boğaziçi vapurlarından en meşhurları dünyanın ilk araba vapuru olan. Suhulet, Resanet, Tarz-ı nevin, Kamer, Halâs, Beşiktaş, Tarabya, Rumeli, Beylerbeyi, Tophane, Göksu, Asayiş, Terakki, Tayyar, Meymenet, Refet, Meserret, İşgüzar, Rehber, Resanet, Resan, Hâle, Süreyya, İnşirah, Nimet, Rağbet, Seyyar, Sür'at, Azimet, Sahilbent, Nüzhet, Amed, Nusret, İhsan, Neveser, Metanet, İkdam, Dilnişin, Seyyale, Şihap, İnbisa, Şükran ve Rüçhan'dı.
Şirket-i Hayriye, 1945 yılında devlet tarafından satın alındı ve şehir hatlarına devredildi.1987 yılına dek tek başına işleyen bu kurumun yanında, ikinci bir şirket olarak İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından kurulan İstanbul Ulaşım ve Ticaret A.Ş. ortaya çıktı.1988 yılında unvan değişikliğine giden şirket bugün de kullanılmakta olan İstanbul Deniz Otobüsleri Sanayi ve Ticaret A.Ş. (İDO) adını aldı. Büyükşehir Belediyesi 2005 yılında özelleştirilen Şehir Hatları İşletmeleri'ni satın aldı ve bu kurumu da İDO'nun bünyesine kattı. Böylece İDO, İstanbul deniz taşımacılığında en büyük kurum oldu. İstanbul limanlarından şehirlerarası seferler de düzenleyen İDO'nun şehir içi ulaşımda kullandığı filosunda 5 ayrı türde, toplam 35 vapur yer almaktadır.
İstanbul Boğazı'yla özdeşleşen bazı yolcu vapurları da Boğaziçi kültürünün ayrılmaz birer parçasıdır. Her gün on binlerce kişiyi iki yaka arasında taşıyan vapurlar, ilk hizmete girdiklerinde de İstanbullular için özel bir yere sahipti. İstanbul'un ileri gelenleri aylık büyük paralar ödeyerek vapurda müdavimleri oldukları yerleri kendilerine ayırtırlardı. Bugün Boğaziçi vapurlarının pek çoğu, yenilenen emektar vapurlardır. Kış aylarında vapurlarda Boğaz'a karşı çay içmek, satılan kâğıt helvalardan almak ve Boğaz martılarına simit atmak İstanbul Boğazı'nın hâlen sürmekte olan geleneklerindendir.
