Türkiye'nin denizcilik alanında en büyük ve içerdiği koleksiyon çeşitliliği açısından dünyanın sayılı müzelerinden Deniz Müzesi, kurulduğu 1897'den bu yana Türk deniz tarihine ait bilgi, belge ve eserlerin korunmasını ve yeni nesillere aktarılmasını sağlıyor.
II. Abdülhamid'in izni, Bahriye Nazırı Bozcaadalı Hasan Hüsnü Paşa'nın direktifi ve Amiral Hikmet Paşa ile Binbaşı Süleyman Nutki'nin çabasıyla Müze ve Kütüphane İdaresi adıyla Tersane-i Amire'de küçük bir binada kurulan Deniz Müzesi'ni geliştirmek ve zenginleştirmek amacıyla deniz kuruluşlarında, özel kişilerde ve deniz subaylarında bulunan ve denizciliği ilgilendiren çok sayıda eser toplandı.
Bahriye Nazırı Cemal Paşa'nın müzeye yeni bir düzen vermek amacıyla atadığı ressam, gemi inşa mühendisi Yüzbaşı Ali Sami Boyar 1917'de müzenin ilk kataloğunu yayımlarken, Türk gemilerinin tam ve yarım modellerinin yapılması için Gemi Model Atölyesi ve manken imalatı için Manken Atölyesi'ni kurarak müzenin geliştirilmesine ve bugünkü halini almasına katkı sundu.
1897'den kurulan Deniz Müzesi'nin 20 binin üzerinde objeden oluşan koleksiyonları arasında Türkiye Cumhuriyeti'nin Kurucusu Mustafa Kemal Atatürk'ün eşyaları, tarihi kayıklar, resimler, gemi modelleri, silahlar, üniformalar, nişan ve madalyalar, bayrak ve sancaklar yer alıyor.Tersane içerisinde iki kez yer değiştiren müze, II. Dünya Savaşı'nın başlamasının ardından eserlerin korunması amacıyla Anadolu'ya nakledildi. 1946'da tekrar İstanbul'a getirilmesine karar verilen müze, Dolmabahçe Camisi'ne taşınırken, müze müdürü Haluk Şehsuvaroğlu idaresinde 1948'de ziyarete açıldı.
Beşiktaş'taki bugün bulunduğu yere 1961'de taşınan Deniz Müzesi'nin 20 binin üzerinde objeden oluşan koleksiyonları arasında Türkiye Cumhuriyeti'nin Kurucusu Mustafa Kemal Atatürk'ün ölüm raporu, eşyaları, tarihi kayıklar, resimler, gemi modelleri, silahlar, haritalar, armalar ve tuğralar, seyir aletleri, fenerler, üniformalar, nişan ve madalyalar, sikkeler, damga ve mühürler, fotoğraflar, bayrak ve sancaklar, mezar taşları, kitabeler, taş baskı kalıpları, berat, ferman ve yazma eserler, gemi baş figürleri, mobilyalar, saatler, amforalar ve dalgıç takımları, gemi aksamları, plaketler ve çanlar yer alıyor..
Yürütülen araştırmalar sonucunda 17. yüzyıla tarihlenen, dünyanın en eski ve orijinal kadırgası, Osmanlı sultanlarının boğaz gezilerinde kullandığı ve çoğunluğu 19. yüzyıla ait el sanatlarının en güzel örnekleriyle bezeli 14 saltanat kayığı, Mustafa Kemal Atatürk'ün Ankara Gazi Çiftliği ve Florya Köşkü’nde kullandığı üç kayık ile daha pek çok tarihi kayık bu koleksiyonda yer alıyor.
